โรงเรียนบ้านสันต้นหมื้อ จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 13 มิถุนายน พ.ศ. 2504 สืบเนื่องมาจากนักเรียนในหมู่บ้านได้เข้ามาเรียนที่โรงเรียนบ้านทรายแดง หมู่ที่ 3 ต่อมา นายอนง คะกินาวงค์ สมาชิกสภาจังหวัดเชียงใหม่ เห็นควรขยายโรงเรียนขึ้นมาในหมู่บ้าน จึงได้นำเรื่องเสนอต่อสภาจังหวัดเชียงใหม่ จนได้รับอนุมัติและเปิดทำการสอนวันแรกในวันที่ 19 มิถุนายน 2504 โดยมี นายอุ่นใจ อะโน เป็นครูใหญ่คนแรก

ต่อมาในปี พ.ศ. 2504 หลวงพ่อสุธรรมและชาวบ้านสันต้นหมื้อได้ร่วมสร้างอาคารเรียนไม้สักหลังแรกขึ้น ในปี พ.ศ. 2516 ได้รับความร่วมมือจากโครงการไทยอเมริกัน ก่อสร้างอาคารเรียนแบบ 017 จำนวน 1 หลังให้ชื่อว่าอาคาร “มิตรภาพไทยอเมริกัน” พร้อมกันนั้นได้รื้อถอนอาคารเรียนหลังแรกนำมาสร้างอาคารอเนกประสงค์ไว้ที่วัด

ปัจจุบันโรงเรียนบ้านสันต้นหมื้อได้ขยายการเรียนการสอนถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 6 มีเนื้อที่ทั้งหมด 28 ไร่ ภายในบริเวณประกอบด้วยอาคารเรียน โรงอาหาร อาคารห้องสมุด อาคารเก้าตื้อ อาคารป้ายคำ อาคารหอประชุม ศูนย์วัฒนธรรมและอาคารอำนวยการ